Dentro de la mayoría de la serie, la acción se situaba en el planeta llamado el Tercer Planeta. Elementos similares a los de la cultura "Egipcia", tales como jeroglíficos y otras referencias indicaban que el Tercer Planeta era nuestro propio planeta, la Tierra, en un futuro distante, siendo la más obvia que la Tierra es el tercer planeta del sistema solar de acuerdo a la cercanía de su orbita con el sol.
Ambos bandos, ThunderCats y Mutantes, no eran nativos, los ThunderCats llegaron ahí cuando su planeta Thundera fue destruido de forma similar a como lo fuera Kryptón, planeta natal de Superman. Los Mutantes provenían del planeta Plunn Darr. Cuando los habitantes de Thundera supieron que su planeta sería destruido, organizaron el escape en naves, que fueron destruidas en el intento de los Mutantes por apoderarse de la Espada del Augurio, y por ende del Ojo de Thundera. Así fue que la nave nodriza (que transportaba la espada y a los Thundercats nobles) recibió un impacto menor que solo dañaría parte de la coraza y el robot piloto, lo que permitió que los nobles que custodiaban al infante Lord hereditario de los ThunderCats, y este mismo, sobrevivieran. Sin embargo, en el curso del viaje al Tercer Planeta, Jaga, el más viejo de todos, decide sacrificarse en un acto heroico para salvar al resto de los thundercats pilotando la nave espacial (en lugar del fallido robot piloto) que los transportaba desde Thundera hasta el límite máximo de su resistencia, para así llegar al tercer planeta. El viaje temporal sería de unos 10 años luz.
A su llegada, son emboscados por los mutantes, pero hay una diferencia, el líder Leon-O, había crecido y llegado a la veintena de años, debido a que su cápsulo de tiempo reducia el envejecimiento pero no en su totalidad ya que esto seria imposible y le permitió desarrollarse en un adulto felino fuerte y ágil. Es así que él usa la Espada del Augurio para espantar a sus cobardes y truculentos rivales. Luego de eso, hacen amistad con los Berbils (osos mecánicos) y estos les ayudan a construir su fortaleza, llamada el Cubil Felino (The Cats' Lair) y deciden que se asentarán en ese planeta, usando sus habilidades y tecnología para proteger a los seres en peligro y hacer nuevos amigos en su aventura por conocer ese territorio.
En los siguientes episodios, Mumm-Ra, principal villano, utiliza su magia para reconstruir el planeta de Thundera, con el propósito de encontrar la Espada de Plunn Darr y obtener su poder. En estos episodios, los ThunderCats alternan sus peleas y aventuras entre la Nueva Thundera y el Tercer Planeta.
Mumm-Ra en sí parece una momia viviente que utiliza el poder que le brindan los Espíritus del Mal para convertirse en un ser más fuerte y listo para la batalla, tiene una linea muy conocida al hacer este proceso "Antiguos espíritus del mal, transformen este cuerpo decadente en Mumm-Ra!!! El inmortal!!". En la serie no se describe mucho acerca de pasado de Mumm-Ra, se logra saber que es un sacerdote "egipcio" que desea el poder e invoca a los espíritus del mal para obtener la vida eterna, aunque a un precio: convertirse en un muerto vivo.
Además de Mumm-Ra, otros adversarios recurrentes eran el grupo de Mutantes (mitad humano, mitad lagarto, mono, chacal, rata, etc), originarios del planeta Plun Darr, que siguieron a los Thundercats desde Thundera, y que ahora también habían quedado atrapados en él Tercer Planeta. Su líder era un mutante lagarto llamado Reptilio (Slythe).
Luego aparecerían una serie de rivales, muchos no darían tregua, otros serían vencidos con facilidad, quizás los rivales más constantes además de los mutantes serían los lunattacks en la segunda temporada, pero todos serían derrotados (no muertos, sino encerrados). Solo Mumm-Ra sería el eterno rival de los Thundercats, incluso siguiéndolos cuando viajen a una Nueva Thundera recién reconstruida de manera semi-artificial. Finalmente, los Thundercats se darían cuenta que esta momia maligna sería una amenaza constante y que solo siendo perseverantes protectores de la paz y en sus siguientes generaciones, podrían controlarla y mantener todo en orden.
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